دانلود :بررسی پلی مورفیسمT) 509C-)، ژن TGF-β1 در بيماران مبتلا به ریفلاکس وزیکویورترال(VUR) به روش PCR-RFLP در استان کرمان

عنوان                                         فهرست مطالب                                شماره صفحه

چکیده فارسی…………………………………………………………………………………………..1

فصل اول: کلیات تحقیق

1-1 ریفلاکس وزیکویورترال(VUR) 3

1-2 شیوع VUR. 4

1-3 سبب شناسی VUR. 5

1-4 VUR از منظر کلینیکی. 6

1-5 نشانه شناسی VUR. 10

1-6 پروگنوزیس VUR. 10

1-7 روش های تشخیصیVUR. 10

1-7-1 سونوگرافی. 11

1-7-2 سيستوگرام در حال ادرار(MCUG or VCUG) 11

1-7-3سیستوگرافی تخلیه ای رزونانس مغناطیسیMRVCUG 12

1-7-4 سیستوگرافی رادیو نوکلئویدRNC 12

1-7-5 سیستوگرافی رادیونوکلئوید مستقیم DRC. 13

1-7-6 سیستوگرافی رادیونوکلئوید غیر مستقیمIRC. 14

1-8بهبود خود به خود VUR. 15

1-9 درمان ریفلاکس وزیکویورترال. 16

1-9-1 پیشگیری آنتی بیوتیکی. 16

1-9-2 جراحی باز 17

1-9-3 تزریق آندوسکوپی. 17

1-10   VURفامیلی. 18

1-11 شناسایی یک ژن یا لوکوس ویژه مرتبط با VUR. 19

1-11-1  uroplakin. 20

1-11-2 SLIT2/ROBO2. 20

1-11-3 Transforming growth factor-β1. 20

1-12 اصول کلی واکنش زنجیره ای پلیمراز 25

1-12-1 مواد مورد نیاز برای واکنش PCR. 26

1-13 آنالیز PCR-RFLP. 27

1-14روش های آنالیز برای مطالعات وابستگی SNP. 28

1-15 اهمیت موضوع. 29

1-16 فرضیه های مطالعه 31

1-17 هدف از مطالعه 31

فصل دوم: مروری بر متون گذشته

2-1 بررسی ارتباط پلی مورفیسم ژن TGF-β1 با VUR فامیلی. 34

فصل سوم: مواد و روش ها

3-1 نوع مطالعه 37

3-2 جامعه مورد مطالعه 38

3-2-1 گروه بیمار 38

3-2-2 گروه سالم 38

3-3 نمونه‌گیری. 38

3-4 متغيرهاي تحقيق. 38

3-5 استخراج DNA. 39

3-6  اندازه گیری کیفیت و غلظت DNA. 40

3-7 دستورالعمل PCR برای نشانگر PCR-RFLP. 41

3-7-1 طراحی پرایمرها اختصاصی برای تعیین SNP. 41

3-7-2  dNTPs 41

3-7-3 کلرید منیزیم(MgCl₂) 42

3-7-4 بافر واکنش PCR. 42

3-7-5 آنزیم Taq Polymerase. 42

3-7-6  آب دوبار تقطیر شده استریل. 42

3-8 راه اندازی واکنش PCR. 42

3-9 برنامه دمايي PCR. 43

3-10  الکتروفورز ژل آگارز 43

3-10-1مواد لازم الکتروفورز ژل آگاروز2%. 43

3-10-2 طرز تهیه ژل آگارز 2%. 43

3-10-3طرز تهیه بافر TBE 1X. 44

3-10-4طرز تهیه اتیدیوم‌برماید 44

3-11 هضم آنزیمی. 44

3-12 روش تجزیه و تحلیل داده ها : 45

3-13بررسي تعادل هاردی-واینبرگ. 46

3-14 آزمون كاي دو )رابطه بين دو متغير كيفي) 47

3-15 روش آماری. 47

3-16 آزمون استقلال کای اسکوئر 47

3-17آزمون نیکویی برازش کای اسکوئر 47

3- 18 انحراف معیار از میانگین (SE, SEM) 48

فصل چهارم: نتایج

4-1 نتایج هضم آنزیمی. 50

4-2مقايسه ي توزيع فراواني پلي مورفیسم ژن TGFB1 در كودكان مبتلا به ريفلاكس وزيكويورترال با كودكان سالم 51

4-3نحوه آنالیز ژنوتیپ هاي CC،TC و TT. 52

4-3-1 آنالیز ژنوتیپ هاي CC،TC وTT در دو گروه بيماران مبتلا به ريفلاكس وزيكويورترال و گروه كنترل زمانيكه ژنوتايپ CCبه عنوان مرجع (رفرنت ) باشد. 52

4-3-2  آنالیز ژنوتیپ هاي CC،TC و TT در دو گروه بيماران مبتلا به ريفلاكس وزيكويورترال و گروه كنترل زمانيكه ژنوتايپ TT به عنوان مرجع (رفرنت ) باشد. 54

4-4 آنالیز آلل هاي T و C در دو گروه كودكان مبتلا به ريفلاكس وزيكويورترال و كودكان سالم (گروه كنترل) 55

4-5 بررسی تعادل هاردی واینبرگ در گروه كودكان مبتلا به ريفلاكس وزيكويورترال. 57

4-6 بررسی تعادل هاردی واینبرگ در گروه كودكان سالم (كنترل) 58

4-7 انحراف معیار از میانگین. 59

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری

5-1 پیشنهادات: 65

منابع 66

خلاصه انگلیسی. 70

عنوان                                                     فهرست اشکال                                                    شماره صفح

شکل1-1 سیستم درجه بندی مطالعه جهانی ریفلاکس……………………………………………………………………………………………..3

شکل2-1 اتصال یوترووزیکال………………………………………………………………………………………………………………………………………..4

شکل3-1 نمایی از کانال حالب درون دیواره مثانه……………………………………………………………………………………………………….7

شکل4-1 مثال های کلینیکی از مطالعه ریفلاکس………………………………………………………………………………………………………9

شکل5-1 VCUG در کودک 4 ساله نشان دهده برگشت دو طرفه ادرار ……………………………………………………………….12

شکل6-1 نقشه ژن TGF-beta1 انسانی……………………………………………………………………………………………………………………23

شکل7-1 تصویر شماتیک نحوه انجام PCR  ……………………………………………………………………………………………………………26

شکل8-1 روش های آنالیز برای مطالعات وابستگی SNP ……………………………………………………………………………………….29

شکل1-3 تصویر مربوط به بررسی نتیجه استخراج DNA روی ژل آگارز………………………………………………………………..40

شکل1-4 قطعه حاصل از تکثیر  پی سی آر (808 جفت باز)…………………………………………………………………………………..50

شکل2-4 سه ژنوتيپ حاصل از هضم آنزيم……………………………………………………………………………………………………………….50

عنوان                                                        فهرست جداول                                                  شماره صفحه

جدول1-1 ژنها و مکان های ژنی بالقوه دخیل در  تکامل کلیه و یا مثانه …………………………………………………………………..24

جدول 1-3 مربوط به متغیرهای تحقیق…………………………………………………………………………………………………………………….39

جدول 2-3 پرایمرها اختصاصی…………………………………………………………………………………………………………………………………..41

جدول 3-3 مواد و مقادیر لازم برای واکنش هضم آنزیمی یک نمونه………………………………………………………………………..45

جدول 4-3 محاسبه مرحله به مرحله ژنوتیپ های مورد انتظار………………………………………………………………………………..46

جدول 1-4 فراواني ژنوتيپ هاي CC،TC و TT…………………………………………………………………………………………………….51

جدول 2-4 فراواني ژنوتايپ هاي CC،TC و   TT…………………………………………………………………………………………………53

جدول 3-4 آزمون کای اسکوئر در دو گروه كودكان مبتلا به ريفلاكس و كودكان سالم………………………………………….53

جدول 4-4 تخمین ریسک برای هنگامی که cc رفرنت فرض شده………………………………………………………………………….53

جدول5-4 فراواني ژنوتايپ هاي CC،TC و   TT …………………………………………………………………………………………………..54

جدول6-4 آزمون کای اسکوئر ژنوتیپ TT رفرنت در نظر گرفته می شود………………………………………………………………54

جدول 7-4 تخمین ریسک برای هنگامی که TT رفرنت فرض شده………………………………………………………………………..55

جدول8-4 فراواني آلل هاي T و C…………………………………………………………………………………………………………………………….55

جدول9-4آزمون کای اسکوئر برای بررسی آلل هاي Tو C……………………………………………………………………………………….56

جدول10-4 تخمین ریسک برای آلل ها TوC………………………………………………………………………………………………………….56

جدول11-4 فراوانی ژنوتیپ های مشاهده شده و مورد انتظار در گروه كودكان مبتلا به ريفلاكس وزيكويورترال……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….57

جدول12-4 آزمون کای اسکوئر نیکویی برازش برای بررسی HWE در كودكان مبتلا …………………………………………58

جدول13-4فراوانی ژنوتیپ ها ی مشاهده شده و مورد انتظار در گروه كودكان سالم………………………………………………58

جدول14-4 آزمون کای اسکوئر نیکویی برازش  برای بررسی HWE در گروه كودكان سالم………………………………….59

جدول15-4 محاسبه sem داده ها در spss……………………………………………………………………………………………………………..59

جدول 1-5 مقایسه کلی نتایج ژنوتیپ ها و آلل های مورد مطالعه…………………………………………………………………………..63