فهرست
فصل اول: کلیات |
1 |
1- 1- مقدمه |
1 |
1-2- موضوع پژوهش |
3 |
1-2-1- شبکه های تنظیم ژنی |
4 |
1-2-2- پویایی حالت و پویایی ساختاری شبکه ها |
6 |
1-2-3- مسئله پژوهش/ سوالات و اهداف اصلی |
8 |
1-3- ضرورت و اهمیت پژوهش |
10 |
1-4- دستاوردها و کاربردهای متصور |
11 |
1-5- مراحل پژوهش |
12 |
1-6- داده های پژوهش |
15 |
1-7- ساختار گزارش |
16 |
فصل دوم: مفاهیم و نظریه های پایه، مروری بر پیشینه پژوهش |
18 |
2-1- مقدمه |
18 |
2-2- شبکه های پیچیده |
19 |
2-2-1- شبکه های پیچیده از مدل های تصادفی تا شبکه های واقعی |
20 |
2-2-2- نظریه گراف تصادفی |
21 |
2-2-3- مدل دنیای کوچک |
28 |
2-2-4- مدل مقیاس آزاد |
29 |
2-3- تکامل توام شبکه |
31 |
2-3-1- پویایی حالت شبکه |
31 |
2-3-2- پویایی ساختاری شبکه ها |
36 |
2-3-3- پویایی متقابل ساختار و حالت شبکه |
38 |
2-4- شبکه های بیومولکولی |
39 |
2-4-1- شبکههای تنظیم ژنی |
43 |
2-4-2- محورهای پژوهشی در زمینه شبکه های تنظیم ژنی |
46 |
2-5- مدل سازی شبکه تنظیم ژنی |
50 |
2-6- خلاصه فصل |
52 |
فصل سوم: گراف علامتدار و مدل دو مرحلهای تکامل شبکه های علامت دار |
53 |
3-1- مقدمه |
53 |
3-2- مفاهیم و نظریههای پایه در تکامل توام شبکه علامتدار |
54 |
3-2- 1- بستار سه تایی و تحول ساختاری شبکهها |
55 |
3-2-2- شبکههای علامتدار و تعادل ساختاری |
57 |
3-2-3- سیستمهای یکنوا و نزدیک به یکنوا |
60 |
3-3- مدل پیشنهادی: مدل دومرحلهای تکامل شبکههای علامتدار |
65 |
3-3-1- مرور مدل |
67 |
3-3-2- انرژی سیستم و تجدید ساختار بر مبنای حداقل سازی سطح انرژی سیستم |
71 |
3-3-3- ارائه معیارهایی برای ارزیابی کارایی پیوندها |
74 |
3- 3- 4- نتایج اجرای مدل با شبیه سازی |
76 |
3-4- خلاصه فصل |
81 |
فصل چهارم: توسعه مفاهیم و الگوهای تحلیل ساختار در شبکه های علامت دار |
83 |
4-1- مقدمه |
83 |
4-2- الگوها و مشخصه های ساختاری – مفاهیم و معیارهای پیشنهادی |
84 |
4-2-1- معیارهای ارزیابی محلی: معیارهای ارزیابی پیوند و گره |
85 |
4-2-2-معیارهای ارزیابی ساختاری کلان |
88 |
o فاصله از تعادل و سازگاری در شبکه |
88 |
o تطبیق طرح خوشههای متعادل و انجمنهای چگال |
90 |
o سازگاری خوشه های متعادل |
94 |
4-3- تحلیل تاثیر خوشههای متعادل در رفتار سیستم |
95 |
4-3-1- پویایی سیستم تحت قانون اکثریت محلی در شبکه علامتدار و تاثیر خوشههای متعادل |
96 |
4-3-2- خوشه های متعادل و فرایند انتشار در شبکه (مدل آبشاری |
105 |
4-4- خلاصه فصل |
116 |
فصل پنجم: کاربرد الگو و مفاهیم ارائه شده در شبکه های تنظیم ژنی |
117 |
5-1- مقدمه |
117 |
5-2- مرور پژوهش های مرتبط |
118 |
5-3- معرفی مجموعه داده |
123 |
5-4- تعادل ساختاری شبکههای تنظیم ژنی و خوشهبندی متعادل |
126 |
5-5- مسیرهای تعادلی و تحلیل حالت گذرا و تعادل نهایی از دیدگاه سازگاری |
129 |
5-6- انجمنهای چگال و خوشههای متعادل: تطبیق دو الگو |
132 |
5-7- پیوندهای مثبت بین خوشه های متعادل: ژن های اساسی |
139 |
5-8- خلاصه فصل |
144 |
فصل ششم: جمع بندی و نتیجه گیری |
147 |
6-1- مقدمه |
147 |
6-2- مرور محورهای پژوهش/ دستاوردها |
148 |
6-2-1- بررسی مدلهای تحلیل پویایی شبکه، مدل سازی شبکههای تنظیم ژنی |
148 |
6-2-2- مدل دومرحلهای تکامل توام شبکه بر مبنای ارزیابی پویای پیوندها |
149 |
6-2-3- توسعه الگوی تحلیل ساختار بر مبنای تعادل ساختاری و سازگاری شبکه |
151 |
6-2-4- تحلیل تاثیر خوشه های متعادل در انتشار اطلاعات و استحکام سیستم |
153 |
6-2-5- کاربرد الگو و مفاهیم ارائه شده در شبکه های تنظیم ژنی |
155 |
6-2-6- تحلیل و پیش بینی رفتار گذرا و حالت تعادل نهایی سلول |
158 |
6-3- کاربردهای پژوهش |
159 |
6-4- دشواری ها و محدودیت های پژوهش |
167 |
6-5- پیشنهادهایی برای پژوهش های بعدی |
168 |
مراجع |
171 |
فهرست جدولها
جدول 4-1- مقدار متوسط تعداد پلههای زمانی تا تعادل , مقدار متوسط تعداد گرهها در وضعیت b در تعادل نهایی |
111 |
جدول 5-1- خلاصه مرور پژوهشها در زمینه شبکههای زیستی علامتدار |
122 |
جدول 5-2- فهرستی از پایگاههای داده مربوط به شبکههای تنظیم بازنویسی |
124 |
جدول 5-3- فهرستی از پایگاههای داده در زمینه دادههای Microarray |
125 |
جدول 5-4- نتایج خلاصه آشکارسازی انجمنها در net a. (resolution= 0.8, modularity= 0.67) |
135 |
جدول 5-5- نتایج خلاصه آشکارسازی انجمنها در net a. (resolution= 0.3, modularity= 0.67) |
136 |
جدول 5-6- نتایج خلاصه آشکارسازی انجمنها در net b. (resolution= 0.3, modularity= 0.74) |
137 |
جدول 5-7- نتایج خلاصه خوشه بندی بر مبنای تعادل ساختاری در شبکه net b. |
137 |
جدول 5-8- پاسخ شبکه به حذف ژنهای مربوط به کمانهای سازگار بین خوشههای متعادل |
141 |
فهرست شکلها
شکل 1-1- چارچوب کلی رساله |
14 |
شکل 2-1- نقشه ای از برهم کنش پروتئینها در سلول مخمر |
21 |
شکل 2-2- فرایند تکامل گراف در مدل Erdos-Renyi |
23 |
شکل 2-3- توزیع متوسط درجه رئوس برای مدل گراف تصادفی |
24 |
شکل 2-4- توزیع جمعیت شهرهای امریکا سال 2000 |
24 |
شکل2-5- فرایند سیمبندی مجدد مدل Watts- Strogatz |
28 |
شکل 2-6- نمایش توزیع درجه رئوس و ضریب خوشه بندی برای سه مدل گراف تصادفی |
30 |
شکل 2-7- فرضیه اساسی زیست شناسی مولکولی |
40 |
شکل 2-8- اجزاء سلولی در معماری شبکههای زیست مولکولی |
42 |
شکل 2-9- دادههای Omic و شبکههای بیومولکولی |
43 |
شکل 2-10- ترتیب متفاوت فعالیت ژن ها در سلول های گوناگون |
44 |
شکل 2-11- فرایند بیان ژنی |
45 |
شکل 2-12- برهمکنشهای ژنتیکی در شبکههای تنظیم ژنی |
45 |
شکل 2-13- نمایش شماتیک شبکه تنظیم ژنی |
46 |
شکل 2-14- مثالی از شبکه بولین |
48 |
شکل 2-15- شماتیکی از فضای حالت شبکه های بولین |
48 |
شکل 2-16- مدل غیرخطی از یک ژن |
49 |
شکل 2-17- طرح شماتیک یک گراف علامتدار، جهتدار با اسپین دوگانه |
51 |
شکل3-1- اصل بستار سه تایی |
55 |
شکل 3-2- ترکیبات ممکن علامت ارتباطات در یک تریاد |
57 |
شکل 3-3- تعادل ساختاری در قضیه Harary |
58 |
شکل 3-4- تعادل ساختاری ضعیف در تعریف Davis |
59 |
شکل 3-5- پیوندهای سازگار و ناسازگار |
61 |
شکل3-6- نسبت پیوندهای ناخشنود برحسب تعداد تکرار فاز 2 |
78 |
شکل 3-7- a(n) در شروع هر تکرار فاز 2 |
79 |
شکل 3-8- توزیع درجه ورودی رئوس پس از 10 بار اجرای فاز 2 |
79 |
شکل 3-10- توزیع درجه خروجی رئوس پس از 10 بار اجرای فاز 2 |
80 |
شکل 4-1- تفاوت دو الگوی افراز گراف علامتدار بر مبنای چگال و بر مبنای تعادل ساختاری |
92 |
شکل 4-2- احتمال وقوع حالت تعادل نوع s1 بر حسب سطوح متفاوت تعادل انجمنها بر مبنای نتایج شبیه سازی |
100 |
شکل 4-3- احتمال وقوع حالت تعادل نوع s1 بر حسب مقادیر مختلف ضریب خوشه بندی |
101 |
شکل 4-4- تعداد پیوندهای ناخشنود در حالت تعادل برحسب ضریب خوشهبندی بر مبنای نتایج شبیهسازی |
103 |
شکل 4-5- فاصله بین حالت تعادل اولیه و تعادل پس از 5% اغتشاش در انجمنها برحسب سطح تعادل انجمن ها |
104 |
شکل 4-6- شرط تغییر وضعیت گره i |
107 |
شکل 4-7- پیشرفت فرایند انتشار با شروع از گره های 1 و 2 به عنوان آغازگر |
108 |
شکل 4-8- خوشه با سازگاری p |
110 |
شکل 4-9- اثر سطح تعادل روی دامنه انتشار: حالتهای اولیه و نهایی به ازای اغتشاش اعمال شده به یک انجمن |
113 |
شکل 4-10- متوسط تعداد گرهها در وضعیت B بر حسب مقادیر مختلف سطح تعادل در انجمنها q=0.4 |
115 |
شکل 4-11- متوسط تعداد گرهها در وضعیت B بر حسب مقادیر مختلف سطح تعادل در انجمنها q=0.5 |
115 |
شکل 5-1- تصویر شماتیک خوشه بندی متعادل از یک زیر شیکه تنظیم ژنی مربوط به سلول E.coli |
128 |
شکل 5-2- یک موتیف تک ورودی |
135 |
شکل 5-3- نمایش خوشه بندی متعادل netb و انجمن های چگال |
138 |
شکل 6-1- مدل سادهای از متغیرهای موثر در بهداشت یک شهر |
162 |
Qzkjah –
walgreen generic allergy pills exact allergy pills best allergy medicine for itching