ژنوتایپینگ سویه های سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس جدا شده از نمونه های بالینی از تهران بر پایه ی روش Multilocus vriable VNTR Analysis( MLVA)

فهرست مطالب

عنوان                                                                                    صفحه

چکیده فارسی                                                                                          1

فصل اول :کلیات تحقیق                                                                              2

• بیان مسئله 3

 1-2- کلیات                                                                                         5

1-2-1، تاریخچه                                                                                     5

1-2-2، باکتریولوژی سالمونلا                                                                      6

1-2-3، تست ها و خواص بیوشیمیایی                                                            6

1-2-4، طبقه بندی سالمونلا                                                                        7

1-2-5، آنتی ژن های سالمونلا                                                                     9

1-2-6، عوامل دخیل در بیماریزایی در سالمونلا                                                  12

1-2-7. بیماری های ناشی از سالمونلا                                                             13

1-2-8. اپیدمیولوژی سالمونلا                                                                       16

1-2-9، تشخیص آزمایشگاهی سالمونلا                                                           16

1-2-10. پیشگیری و کنترل                                                                        19

1-2-11، ایمنی                                                                                                19

1-2-12، درمان                                                                                                19

1-3 – مروری بر روش های تایپینگ باکتری ها                                                  20

1-3-1- اصول و مبانی روش MLVA                                                                    22

1-2-3- کلمات و اصطلاحات کاربردی در MLVA                                           24

1-3-3- مزایای MLVA نسبت به سایر روش های ژنوتایپنگ                                26

1-4- اهداف پایان نامه                                                                              31

1-4-1- هدف علمی پایان نامه                                                                     31

1-4-2- اهداف جزئی                                                                               31

1-4-3- اهداف کاربردی                                                                                     31

1-5- فرضیه ها                                                                                       31

1-6- سئوالات                                                                                        31

1-7- ضرورت انجام تحقیق                                                                        32

1-8- جنبه جدید بودن و نوآوری تحقیق                                                          32

1-9- واژه نامه ها و اصطلاحات فنی                                                              32

فصل دوم مروری بر ادبیات تحقیق و پیشینه تحقیق                                                         34

بررسی متون:                                                                                           35

فصل سوم :مواد وروشها                                                                              39

3-1-مواد و تجهیزات                                                                                40

3-1-1-دستگاه ها ووسایل مورد نیاز:                                                              40

3-1-2-مواد مصرفی مورد نیاز:                                                                     41

3-1-3- محیطهای کشت مورد استفاده:                                                            41

3-2-ترکیبات و محلولهای مورد نیاز و فرمول ساخت آنها                                                42

3-2-1-تهیه محلول(%25) SDS:                                                                 42

3-2-2- محلول  EDTA(5/0 مولار):                                                           42

3-2-3-تامپون لیز کننده سلول                                                                      42

3-2-4- تامپون TE حاوی RNase                                                             42

3-2-5- بافر(5X)TBE:                                                                          42

3-2-7- محلول فنل-کلروفروم-ایزو آمیلیک الکل(PCI):                                                43

3-3- روش انجام طرح:                                                                                       44

3-3-1- نوع مطالعه:                                                                                 44

3-3-2-جامعه مورد مطالعه:                                                                         44

3-3-3- جمع آوری اطلاعات:                                                                     44

3-3-4- انجام امور باکتریولوژیک:                                                                44

3-4- ژنوتایپینگ ایزوله های سالمونلا با استفاده از روش MLVA                                     46

3-4-1- انجام آزمایش PCR جهت تکثیر لوکوس های VNTR                                      46

3-4-2- الکتروفورز محصولات VNTR                                                                  50

3-4-3- محاسبه ی اندازه و تعداد تکرار های VNTR                                         52

3-4-4-تجزیه و تحلیل داده های VNTR                                                       52

فصل چهارم یافته ها                                                                                  54

4-1- نمتایج حاصل از جمع آوری نمونه ها                                                      55

4-2- نتایچ حاصل از استخراج ژنوم باکتریایی                                                    57

4-3- نتایج حاصل از واکنش PCR جهت تکثیر لوکوس های VNTR                      58

4-4- میزان تنوع الل های VNTR                                                                74

4-5- آنالیز داده ها با استفاده از الگوریتم Minimum Spanning Tree                           74

4-6- آنالیز داده های VNTR با استفاده از روش NJ                                          75

فصل پنجم :بحث ونتیجه گیری                                                                      77

5-1- بحث                                                                                           78

5-2- نتیجه گیری و جمع بندی                                                                     91

منابع:                                                                                                    92

چکیده انگلسی                                                                                         96

                                 

 

فهرست جداول و نمودارها

عنوان                                                                                     صفحه

جدول1-1، ویژگی های بیو شیمیایی سالمونلا                                                     8

جدول 1-2، طبقه بندی نوین سالمونلا و میزان سروتایپ ها در زیر گونه ها                            9

جدول 3-1، نام لوکوس ها و پرایمر های اختصاصی                                             47

جدول 3-2،مقادیرموردنیازجهت انجام واکنش هایPCRبرای تکثیرلوکوس­هایVNTR    48

جدول 3-3، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس های SENTR2،

SENTR3 و SE-7                                                                                49

جدول3-4،برنامه ریزی دستگاه­ترموسایکلرجهت تکثیرلوکوس­هایENTR6وSE-8                  49

جدول 3-5، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر برای تکثیر لوکوس SE-4                       49

جدول 3-6،  برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس SE-10                            50

جدول 3-7، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس  SE-6                    50

جدول 4-1، در فایل EXCEL                                                                    73

جدول 4-2، ضریب تنوع هانتر- گاتسون برای هر لوکوس محاسبه شده                        74

نمودار 4-1، میزان فراوانی هر یک از سرو تایپ های سالمونلا در پژوهش حاضر            56

نمودار 4-2، میزان شیوع هر یک از سرو تایپ های سالمونلا در پژوهش حاضر              56

 

 

فهرست اشکال

عنوان                                                                                    صفحه

شکل 1-1 تصویر دکتر سالمون دامپزشک آمریکایی.                                              5

شکل1-2 باکتری سالمونلا                                                                           6

شکل 1-4مای شماتیک از VNTR ها                                                            23

شکل 1-5 پروفایل اللی                                                                                       24

شکل 1-6 آنالیز MLVA بوسیله MST                                                                   25

شکل 1-7، مزایای  MLVA                                                                       26

شکل 1-8، مراحل انجام MLVA                                                                 27

شکل 4-1، میزان خلوص DNA نمونه ی شماره ی 53                                        57

شکل 4-2، میزان خلوص DNA نمونه ی شماره ی 24                                        57

شکل 4-3، لوکوس ENTR6                                                                      58

شکل 4-4، لوکوس SE4                                                                           59

شکل 4-5، لوکوس SE4                                                                           60

شکل  4-6، لوکوسSE6                                                                           61

شکل 4-7، لوکوس SE6                                                                           62

شکل 4-8، لوکوسSE7                                                                            63

شکل 4-9، لوکوسSE7                                                                            64

شکل 4-10، لوکوسSE8                                                                          65

شکل 4-11، لوکوسSE8                                                                          66

شکل 4-12، لوکوسSE10                                                                        67

شکل 4-13، لوکوسSE10                                                                        68

شکل 4-14، لوکوسSENTR2                                                                   69

شکل 4-15، لوکوسSENTR2                                                                   70

شکل 4-16، لوکوسSENTR3                                                                   71

شکل 4-17، لوکوسSENTR3                                                                   72

شکل 4-18، آنالیز داده های VNTR با استفاده از الگوریتم MST.                          75

شکل  4-22، درختچه ی NJ                                                                      76