فهرست مطالب
عنوان |
شماره صفحه |
فصلاول.. 1
مقدمهوکلیات.. 1
1-1- مقدمه.. 2
2-1- اهدافپژوهش.. 4
فصلدوم.. 5
بررسیمنابع.. 5
2-1- اهدافاصلاحنژاد.. 6
2-2- روش‌هایارزیابیکلاسیک.. 6
2-3- استفادهازمنابعاطلاعاتینشانگری.. 7
2-4- انتخاببهکمکنشانگر.. 8
2-5- چندشکلي‌هايتکنوکلئوتيدي.. 9
2-6- ميکروتراشه‌هایDNA.. 9
2-7- انتخابژنومی.. 10
2-8- مزایایانتخابژنومی.. 13
2-9- روش‌هايآماريپيش‌بينيژنومي.. 13
2-10- روش‌هایبیزیدرانتخابژنومی.. 16
2-11- استنباطژنوتيپي.. 17
2-11-1- استنباطمبتنيبرشجره.. 18
2-11-2- استنباطمبتنيبرساختارجمعيت.. 18
2-12- اصلاحنژادژنوميدرگوسفند.. 19
2-13- مروريبرنتايجبرخيمطالعاتانجامشده.. 20
فصلسوم.. 26
موادوروش‌ها.. 26
3-1- شبیه‌سازیژنوم.. 27
3-2- شبیه‌سازیجمعیت‌ها.. 27
3-3- محاسبهعدمتعادللینکاژی.. 27
3-4- صفاتموردمطالعه.. 28
3-5- سناریوهایموردآزمایش.. 29
3-5-1- توزیعاثراتQTL. 29
3-5-2- تعدادQTL. 29
3-5-3- وراثت‌پذیریصفت.. 29
3-5-4- تعدادمشاهدات.. 30
3-5-5- پایداریصحتپیش‌بینی‌ها.. 30
3-6- روش‌هایارزیابی.. 30
3-7- برآوردارزش‌هایاصلاحیژنومی.. 34
3-8- مقایسهصحتروش‌ها.. 34
3-9- استنباطژنوتیپی.. 34
3-10-1-روشتخصیصتصادفی.. 34
3-10-2- روشجنگلتصادفی.. 35
3-11- صحتاستنباطژنوتیپ.. 35
3-12- صحتپیش‌بینیارزش‌هایاصلاحیژنومیحاصلازژنوتیپاستنباطشده.. 36
فصلچهارم.. 37
نتایج.. 37
4-1- سطحعدمتعادللينکاژي.. 38
4-2- صحتارزيابي‌هادرسناريوهايمختلف.. 38
4-3- توزيعاثراتژني.. 39
4-4- تعدادQTL. 40
4-5- وراثت‌پذیریصفت.. 41
4-6- تعدادافرادجمعیتمرجع.. 44
4-7- پايداريصحتپيش‌بينيدرنسل‌هایجمعیتتايید.. 45
4-8- استنباطژنوتیپی.. 48
فصلپنجم.. 50
بحثونتیجه‌گیری.. 50
5-1- بحث.. 51
5-2- نتیجه‌گیری.. 60
5-3- پیشنهادها.. 61
منابعوماخذ.. 62
فهرست جداول
عنوان |
شماره صفحه |
جدول 4-1- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی روش‌هایمورد مطالعه در تعدادافرادمرجعووراثت‌پذیری‌هایمختلف |
46 |
فهرست شکل‌ها
عنوان |
شماره صفحه |
|
شکل 2-1- فرایند انتخاب ژنومی |
12 |
|
شکل 4-1- تغییرات عدم تعادل لینکاژی در نسل‌های مختلف جمعیتتاریخی |
38 |
|
شکل 4-2- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت تعداد همزادان با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما |
39 |
|
شکل 4-3- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت زنده‌مانی با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما |
40 |
|
شکل 4-4- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت تعداد همزادان با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما |
41 |
|
شکل 4-5- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت زنده‌مانی با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما |
42 |
|
شکل 4-6- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای تعداد همزادان با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در وراثت‌پذیری‌های مختلف و توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما |
43 |
|
شکل 4-7- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت زنده‌مانیبا استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در وراثت‌پذیری‌هایمختلف و توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما |
43 |
|
شکل 4-8- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت تعداد همزادان با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در تعداد افراد مرجع و وراثت‌پذیری‌های مختلف |
44 |
|
شکل 4-9- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت زنده‌مانیبا استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در تعدادافرادمرجعووراثت‌پذیری‌هایمختلف |
45 |
|
شکل 4-10- تابعیت صحت ارزش‌های اصلاحی روش‌هایمورد مطالعه به نسل (صفت تعداد همزادان) |
47 |
|
شکل 4-11- تابعیت صحت ارزش‌های اصلاحی روش‌هایمورد مطالعه به نسل (صفت زنده‌مانی) |
47 |
|
شکل 4-12- صحت استنباط ژنوتیپی با استفاده از روشهای جنگل تصادفی و روش انتساب تصادفی در سطح مختلف عدم تعادل لینکاژی و درصدهای مختلف ژنوتیپ ازدست‌رفته |
48 |
|
شکل 4-13- صحت ارزیابی ژنومی صفت تعداد همزادان درسطح مختلف عدم تعادل لینکاژی و درصدهای مختلف ژنوتیپ ازدست‌رفته استنباط شده با استفاده از روشهای جنگل تصادفی و روش انتساب تصادفی. |
49 |
|
شکل 4-13- صحت ارزیابی ژنومی صفت زنده‌مانی در سطح مختلف عدم تعادل لینکاژی و درصدهای مختلف ژنوتیپ ازدست‌رفته استنباط شده با استفاده از روشهای جنگل تصادفی و روش انتساب تصادفی |
49 |
|
