فهرست مطالب
عنوان صفحه
فهرست جدولها و
فهرست شکلها ز
-
فصل اول: مقدمه 1
1-1- سرطان و مسیرهای انتقال پیام 1
1-2- درمان هدفگیری شده سرطان 3
1-2-1- روشهای رایج درمان هدفگیریشده سرطان 4
1-2-1-1- استفاده از آنتیبادیهای مونوکلونال 5
1-2-1-1-1- محدودیتهای استفاده از آنتیبادیهای مونوکلونال 6
1-2-2- پپتیدها و مسیرهای انتقال پیام 6
1-2-2-1- روشهای کلی جهت استفاده از پپتیدها برای درمان هدفگیری شده سرطان 7
1-2-2-2- مزیت استفاده از پپتیدهای درمانی 8
1-2-2-3- محدودیتهای استفاده از پپتیدها برای درمان هدفگیری شده سرطان 8
1-2-2-4- روشهای معمول جهت افزایش پایداری پپتیدها 10
1-3- سرطان پستان 11
1-3-1- زیر-گونههای سرطان پستان 11
1-3-1-1- سرطان پستان منفی سهگانه (TNBC) و سرطان پستان شبه پایه (BCLC) 12
1-4- سرطان پروستات 13
1-4-1- هورمون ها و عوامل رشد درگیر در سرطان پروستات 13
1-4-1-1- آندروژن 13
1-5- پیش زمینه مسیر انتقال پیام WNT 15
1-5-1- تاریخچه مسیر 15
1-5-2- تعریف کلی 16
1-5-2-1 لیگاندهای WNT 16
1-5-2-2- گیرندههای WNT 17
1-5-2-2-1- گیرندههای فریزلد(FZ) 17
1-5-2-2-2- کمک-گیرنده LRP5/6 18
1-5-2-2-3- گیرنده کرمن 21
1-5-2-2-4- کمک گیرنده ارفان شبه تیروزین کیناز2 (ROR2) 21
1-5-2-2-5- کمک-گیرنده RYK 21
1-5-3- انواع مسیر WNT 22
1-5-3-1- مسیر متعارف (مسیر WNT / بتا-کاتنین 22
1-5-3-2- مسیر قطبیت صفحه ای (PCP) و مسیر وابسته به کلسیم 25
1-5-4- کنترل مسیر پیامرسانی WNT 25
1-5-4-1- پروتئین مهارکننده ترشحی مرتبط با فریزلد (SFRP) 26
1-5-4-2- مهارکننده دیکوف (DKK) 27
1-5-5- مسیر پیام رسانی WNT در سرطان 27
1-5-5-1- فعالیت مسیر WNT در سرطان پستان 29
1-5-5-2- مسیر WNT و سرطان پروستات 30
1-5-6- پروتئین مسد به‌عنوان یک چاپرون 32
1-5-7- پروتئین مسد به‌عنوان یک مهارکننده 32
-
فصل دوم: مواد و روش ها 35
2-1- مطالعات تئوری 35
2-1-1- مدلسازی مولکولی 35
2-1-1-1- انتخاب بهترین مدل ساخته‌شده 35
2-1-2- شبیهسازی دینامیک مولکولی 36
2-1-2-1- روش محاسبه: 37
2-1-2-2- شرایط محاسبه: 37
2-1-2-3- تحلیل اطلاعات حاصل از شبیه سازی 38
2-1-2-3-1- بررسی پایداری ساختاری پپتیدها طی زمان در شبیهسازی 38
2-1-2-3-2- بررسی حرکتهای درون‌مولکولی و نوسانات ساختاری 39
2-1-2-3-3- بررسی فشردگی ساختار 39
2-1-3- شبیهسازی داکینگ مولکولی 40
2-1-3-1- آنالیز نتایج حاصل از شبیهسازی داکینگ 41
2-1-4- انجام شبیهسازی دینامیک مولکولی بهترین کمپلکسها 41
2-1-4-1- آنالیز دادههای حاصل از شبیهسازی بهترین کمپلکسها 42
2-1-4-2- محاسبه انرژی آزاد اتصال برای کمپلکسهای دارای بهترین میانکنش 42
2-1-4-3- مطالعه تغییر حرکت بین دومینی 43
2-2- مطالعات آزمایشگاهی 43
2-2-1- مطالعات طیف‌سنجی 43
2-2-1-1- مطالعه ساختار دوم نمونه ها با استفاده از تکنیک دو رنگ نمایی دورانی ناحیه دور 44
2-2-1-2- مطالعات FT-IR 45
2-2-2- مطالعه فعالیت پپتیدها در شرایط آزمایشگاهی 45
2-2-2-1- طرز تهیه محیط کشت RPMI-1640 برای رده سلولی سرطان پروستات PC-3 و
MDA-MB-231 46
2-2-2-2- طرز تهیه محلول PBS 1X 47
2-2-2-3- کشت سلولهای سرطان پستان رده HS758T ، سلولهای سرطان پستان
رده MDA-MB231 و سلولهای سرطان پروستات رده PC-3 47
2-2-2-4- انجماد سلولهای سرطانی 48
2-2-2-5- ذوب نمودن سلول 49
2-2-2-6- حل نمودن پپتید در بافر جهت تیمار سلولها 49
2-2-2-7- نحوه تیمار 50
2-2-2-8- شمارش سلولی 50
2-2-2-9- تهیه محلول تریپان بلو 50
2-2-2-9-1- شرح جزئیات شمارش سلول 51
2-2-2-10- آزمون سمیت با سنجش MTT 51
2-2-2-11- آزمون ترمیم خراش زخم ( آزمون مهاجرت) 52
2-2-3- آزمایشهای سلولی انجام شده در این مطالعه 52
2-2-3-1- آزمایش اول: سنجش سلولی همراه تعویض محیط در مدت 4 روز 52
2-2-3-2- آزمایش دوم: سنجش سلولی بدون تعویض محیط در 4 روز 53
2-2-3-3- آزمایش سوم: تست ترمیم زخم 53
2-2-4- آنالیز آماری 53
-
فصل سوم: نتایج 54
3-1- طراحی پپتید 54
3-1-1- مقایسه ساختاری پپتید طبیعی و پپتید طراحی شده 56
3-1-2- نتایج حاصل از شبیه سازی دینامیک مولکولی پپتید طبیعی و پپتید طراحی شده همراه
کلسیم و پپتید طراحی شده بدون کلسیم 57
3-1-3- بررسی ساختار دوم پپتیدها بعد از شبیه سازی 58
3-2- انجام فرایند داکینگ مولکولی 63
3-3- شبیه سازی دینامیک مولکولی بر روی کمپلکسهای پپتید-گیرنده انتخاب شده 63
3-3-1- آنالیز داده های حاصل از شبیه سازی بر روی کمپلکسهای انتخاب شده 63
3-3-2- مقایسه کمپلکسهای شبیه سازی داکینگ مولکولی قبل و بعد از شبیه سازی 65
3-3-3- بررسی تغییرات بین دومینی 68
3-4- نتایج آزمایشگاهی 72
3-4-1- سنتز پپتید طبیعی و پپتید طراحی شده 73
3-4-2- مطالعات طیف سنجی پپتیدها 74
3-5- نتایج حاصل از سنجش سلولی 76
3-5-1- نتایج حاصل از سنجش سلولی بدون تعویض محیط در 4 روز 76
3-5-2- نتایج حاصل از سنجش سلولی بدون تعویض محیط در 4 روز 77
3-5-3- نتایج حاصل از تست ترمیم زخم (مهاجرت) 78
-
فصل چهارم: بحث و نتیجه گیری 80
