%53تخفیف

بررسی جایگاه¬های پلی¬مورفیک سلنوپروتئین¬ها در بیماران مبتلا به سرطان پستان

تعداد 84 صفحه در فایل word

بررسی جایگاه­های پلی­مورفیک سلنوپروتئین­ها در بیماران مبتلا به سرطان پستان

 

سرطان پستان شایع­ترین سرطان در بین زنان سراسر جهان است. از بین فاکتورهای مؤثر بر سرطان، استرس اکسیداتیو نقش مهمی در توسعه و پیشرفت سرطان پستان دارد. استرس اکسیداتیو به علت عدم تعادل بین گونه­های واکنش­گر ناپایدار (آنیون سوپراکسید، هیدروژن­پراکسید، رادیکال­هیدروکسیل و گونه­های واکنش­گر نیتروژن) و دفاع آنتی­اکسیدانی ایجاد می­شود. سلنوپروتئین­ها یک کلاس از پروتئین­هایی هستند که باقی­مانده­ی سلنوسیستئین را شامل می­شوند، بسیاری از آن­ها به عنوان آنتی­اکسیدان عمل می­کنند تا استرس اکسیداتیو را کاهش دهند. مشاهده شده که بیان برخی از سلنوپروتئین­ها از جمله TrxR1، SelP، Sep15، GPx2 و GPx1 در انواع مختلفی از سرطان دچار تغییر می­شود. سلنوپروتئینP (Sepp1) سلنوپروتئین عمده­ی پلاسما بوده و بیش از ۵۰ درصد سلنیوم پلاسما را در بر می­گیرد. احتمال دارد که اثرات مستقیم و غیرمستقیم Sepp1 روی دفاع آنتی­اکسیدانی مسئول نقش آن در ریسک سرطان ­باشد. یکی از پلی­مورفیسم­های رایج ژن SEPP1 پلی­مورفیسم تک­نوکلئوتیدی Ala234Thr (rs3877899) است که در ناحیه­ی کدینگ واقع می­باشد. Sep15 سلنوپروتئینی است که در شکل­گیری باندهای دی­سولفیدی و کنترل کیفیت فولدینگ پروتئین در شبکه­ی اندوپلاسمی نقش دارد. شناخته­شده­ترین پلی­مورفیسم این ژن، rs5859 است که در ناحیه­ی 3’UTR  ژن واقع شده و یک جایگزینی G/A در موقعیت ۱۱۲۵ می­باشد. در این پژوهش ارتباط بین پلی­مورفیسم ژن­های SEPP1 و SEP15 با ریسک سرطان پستان ارزیابی شد. این مطالعه­ی مورد شاهدی شامل ۷۳ بیمار مبتلا به سرطان پستان و ۷۳ فرد سالم بود. DNA از نمونه­های خون استخراج گردید و ژنوتیپ­های SEPP1 و SEP15 به ترتیب توسط روش­ واکنش زنجیره­ای پلی­مراز-پلی­مورفیسم طول قطعات محدودشونده (PCR-RFLP) و PCR اختصاصی الل (AS-PCR) شناسایی شدند. آنالیز آماری داده­ها با نرم­افزار MedCalc (نسخه 1/12) انجام شد. فراوانی ژنوتیپی پلی­مورفیسم SEPP1 و SEP15 تفاوت معنی­داری بین دو گروه سالم و کنترل نشان داد. به گونه­ای که ژنوتیپ  (AA) Thr/Thr برای SEPP1 (OR= 3.13; 95%CI, 1.15-8.54; p=0.02) و ژنوتیپ AA برای SEP15  (OR= 3.73; 95%CI, 1.15-12.07; p=0.02 ) با افزایش ریسک سرطان پستان مرتبط بود. بنابراین بر اساس این مطالعه پلی­مورفیسم­های Ala234Thr ژن SEPP1 و rs5859 ژن SEP15 به عنوان فاکتور خطر مرتبط با سرطان پستان در جمعیت مورد مطالعه مطرح شدند. اگرچه مطالعات بیشتر و گسترده­تری برای آشکار شدن نقش ژن­های سلنوپروتئین­ها در سرطان پستان مورد نیاز است.

کلمات کلیدی: پلی­مورفیسم ژنی، سرطان پستان، SEP15، SEPP1

فهرست  مطالب

ر

عنوان                                                                                                                                                 صفحه

چکیده فارسی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….

چکیده انگلیسی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..75

فصل اول: مقدمه

۱- مقدمه. ۲

۱-۱- تعریف.. ۲

۱-۲- آناتومی.. 2

1-3- اپیدمیولوژی.. 3

۱-۴- نشانه­های بالینی بیماری.. 4

۱-۵- غربالگری بیماری.. 4

۱-۶- تشخیص بیماری.. 4

۱-۷- درمان بیماری.. 5

۱-۷-۱- جراحی.. 5

1-7-2- پرتو درمانی.. 6

1-7-3- شیمی­درمانی.. 6

1-7-4- هورمون­درمانی.. 7

1-7-5- درمان بیولوژیک… 7

1-8- درجه­بندی.. 7

1-9- سیستم مرحله­بندیTNM… 8

1-10- طبقه­بندی بیماری.. 8

1-10-1- انواع سرطان پستان بر اساس مورفولوژی.. 9

1-10-2-  انواع سرطان پستان بر اساس تقسیم بندی مولکولی.. 9

1-11- پاتوفیزیولوژی.. 11

1-۱۲- مسیرهای انتقال پیام سرطان پستان. 11

۱-۱۳- سبب شناسی (فاکتورهای خطر) 12

    1-13-1- ژن­های دخیل در بروز سرطان پستان……………………………………………………………………………………………………….۱۲

1-۱۳-۲- پلی­مورفیسم­های تک­نوکلئوتیدی.. 12

۱-۱۳-۳- گونه­های اکسیژن واکنش­پذیر و آسیب اکسیداتیو. 13

۱-۱۴- آنزیم­های آنتی­اکسیدان. 14

1-15- سلنوپروتئین­ها 14

۱-15-۱- نحوه­ی سنتز سلنوپروتئین­ها 15

۱-15-2- ساختار سلنوپروتئین­ها 17

۱-15-۳- انواع سلنوپروتئین­ها 17

1-16- سلنوپروتئینP. 18

1-16-1- ساختار 18

1-16-1-1- ساختار ژن. 18

1-16-1-2- ساختار mRNA.. 18

1-16-1-3- ساختار پروتئین.. 19

1-16-2- ایزوفرم­ها 20

1-16-3- ویژگی­های بیوشیمیایی.. 21

1-16-4- عملکرد فیزیولوژیک… 21

1-16-5- تنظیم بیان ژن. 22

1-16-6- پلی­مورفیسم. 23

1-17- سلنوپروتئین 15 کیلودالتونی (Sep15) 25

1-17-1- ساختار 25

1-17-2- عملکرد. 27

1-17-3- پلی­مورفیسم. 28

1-18- هدف از تحقیق.. 30

فصل دوم: مواد و روش­ها

۲- مواد و روش­ها 32

2-1- مواد و لوازم مورد نیاز 32

2-1-1- مواد و لوازم مورد نیاز جهت نمونه­گیری.. 32

2-1-2- مواد و لوازم مورد نیاز جهت استخراج DNA ازلوکوسیت­های خون محیطی.. 32

2-1-3- مواد مورد نیاز در الکتروفورز ژل آگارز جهت ارزیابی کیفیت DNA استخراج شده 32

2-1-4- مواد و لوازم مورد نیاز جهت انجام واکنش زنجیرهای پلیمراز (Polymerase Chain Reaction, PCR) 33

2-1-5- مواد و لوازم مورد استفاده در الکتروفورز محصولاتPCR  به کمک ژل آگارز 33

2-1-6- مواد و لوازم مورد استفاده در تکنیک RFLP)) Rrstriction Fragment Length Polymorphism.. 34

2-1-7- مواد و لوازم مورد نیاز در الکتروفورز محصولات RFLP به کمک ژل آگارز 34

2-1-8- آماده سازی محلول ها 35

2-2- لیست دستگاهها و تجهیزات مورد استفاده در آزمایشگاه 35

2-3- روش کار 36

2-3-1- نمونه­گیری.. 36

2-3-2- استخراج DNA ژنومی.. 36

2-3-3- ارزیابی کیفیت DNA استخراج شده به کمک ژل آگارز (الکتروفورز افقی) 37

۲-۳-۴- استفاده از تکنیک PCR-RFLP جهت تعیین ژنوتیپ پلی­مورفیسم Ala234Thr)) rs3877899 از ژن SEPP1  38

۲-۳-۴-۱- انجام واکنش زنجیره­ای پلیمراز (PCR) 38

۲-۳-۴-۲- پرایمرهای مورد استفاده برای تکثیر جایگاه پلی­مورفیک rs3877899 ژن SEPP1. 39

۲-۳-۴-۳- چرخه حرارتی واکنش PCR پلی­مورفیسم rs3877899 ژن SEPP1. 40

۲-۳-۴-۴- الکتروفورز محصولات PCR پلی­مورفیسم rs3877899 ژن SEPP1 با استفاده از ژل آگارز 2%. 40

۲-۳-۴-۵- استفاده از تکنیک RFLP جهت تشخیص پلی­مورفیسم تک نوکلئوتیدی rs3877899 در ژن SEPP1. 41

۲-۳-۴-۶- الکتروفورز محصولات برش خورده­ی جایگاه پلی­مورفیک rs3877899 ژن SEPP1. 42

۲-۳-۵- واکنش زنجیره­ای پلیمراز خاص آلل (Allele-Specific PCR) جهت تعیین ژنوتیپ پلی­مورفیسم rs5859 از ژن SEP15  42

۲-۳-۵-۱- انجام واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) 42

۲-۳-۵-۲-پرایمرهای مورد استفاده جهت تکثیر جایگاه پلی­مورفیک rs5859 ژن SEP15. 43

2-3-۵-۳- چرخه حرارتی PCR پلی­مورفیسم rs5859 ژن SEP15. 44

2-3-۵-۴- الکتروفورز محصولات PCR جایگاه پلی­مورفیک rs5859 ژن SEP15 با استفاده از ژل آگارز 2%. 45

2-3-6- آنالیز آماری.. 45

فصل سوم: نتایج

۳- نتایج تحقیق.. 47

3-1- خصوصیات نمونه­ها 47

3-2- نتایج بررسی­های مولکولی.. 47

3-2-1- نتایج حاصل از بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با ژل آگارز 1% (الکتروفورز افقی) 47

3-2-2- نتایج بررسی پلی­مورفیسم Ala234Thr (rs3877899) ژن SEPP1. 48

۳-۲-۲-۱-نتایج حاصل از بررسی کیفیت قطعات DNA تکثیر شده­ی پلی­مورفیسم rs3877899 ژن SEPP1 توسط ژل آگارز 2%  48

3-2-2-2- نتایج حاصل از واکنش RFLP پلی­مورفیسم rs3877899 ژن SEPP1. 48

۳-۲-۲-۳- آنالیز آماری پلی­مورفیسم rs3877899 ژن SEPP1. 49

3-2-2-3-1- فراوانی ژنوتیپی پلی­مورفیسم rs3877899 ژن SEPP1. 49

3-2-2-3-2- فراوانی اللی پلی­مورفیسم rs3877899 ژن SEPP1. 50

۳-۲-۳- نتایج بررسی پلی­مورفیسم rs5859 ژن SEP15. 51

3-2-3-1- بررسی کیفیت قطعاتDNA  تکثیر شده­ی جایگاه پلی­مورفیک rs5859 ژن SEP15 با روش Allele-Specific PCR روی ژل آگارز 2%. 51

۳-۲-۳-۲- آنالیزهای آماری پلی­مورفیسم rs5859 ژن SEP15. 52

3-2-3-2-1- نتایج فراوانی ژنوتیپی پلی­مورفیسم rs5859 ژن SEP15. 52

3-2-۳-۲-۲- نتایج فراوانی اللی پلی­مورفیسم rs5859 ژن SEP15. 53

فصل چهارم: بحث

4- بحث.. 55

4-1- بحث و نتیجه­گیری.. 55

4-2- پیشنهادات.. 59

فصل پنجم: منابع و پیوست

۵- منابع و پیوست.. 61

۵-۱- منابع. 61

۵-۲- پیوست.. 74

 

فهرست جدول­ها

عنوان………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..صفحه

جدول۱-۱) سیستم مرحله­بندی TNM. 8

جدول۱-۲) انواع مولکولی سرطان پستان بر اساس پروفایل بیان ژن. 10

جدول1-3) تعدادی از سلنوپروتئین­ها و عملکرد احتمالی آن­ها 17

جدول 2-1) مقدار و غلظت مواد مصرفی در واکنش PCR.. 39

جدول ۲-۲) مشخصات پرایمرهای مورد استفاده در واکنش PCR ژن SEPP1. 39

جدول 2-۳) چرخه حرارتی PCR ژن SEPP1. 40

جدول 2-۴) نام و خصوصیات آنزیم مورد استفاده برای واکنش  RFLPژن SEPP1. 41

جدول 2-۵) غلظت و مقادیر مواد مورد استفاده در واکنش RFLP مربوط به آنزیم MwoI 41

جدول 2-6) اندازه­ی قطعات حاصل از هضم آنزیمی با توجه به ژنوتیپ.. 42

جدول 2-7) غلظت و مقادیر مواد مصرفی در واکنش PCR.. 42

جدول 2-۸) پرایمرهای مورد استفاده در واکنش PCR ژن SEP15. 43

جدول 2-۹) چرخه حرارتی  PCRژن SEP15 برای الل C.. 44

جدول 2-۱۰) چرخه حرارتی  PCRژن SEP15 برای الل T. 44

جدول 3-1) فراوانی ژنوتیپی ژن SEPP1 و میزان اثر آن بر بروز بیماری.. 50

جدول ۳-2) فراوانی اللی ژن SEPP1 و میزان اثر آن بر بروز بیماری.. 50

جدول۳-۳) بررسی ژنوتیپ­های مشاهده شده در ژن SEP15  و میزان اثر هر ژنوتیپ بر بروز بیماری.. 52

جدول 3-4) فراوانی اللی ژن SEP15 و نتیجه­ی آزمون chi-square. 53

 

فهرست شکل­ها

عنوان…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….صفحه

شکل۱-۱) آناتومی پستان. 3

شکل۱-۲) درجه­بندی سرطان پستان از لحاظ بافت­شناسی.. 7

شکل ۱-۳) نحوه­ی درج سلنیوم به ساختار سلنوپروتئین­ها 15

شکل 1-4) جزئیات بیشتر از نحوه­ی سنتز سلنوپروتئین­ها و درج سلنوسیستئين به داخل ساختارشان. 16

شکل 1-5) تصویر شماتیک ساختار mRNAی سلنوپروتئین­های یوکاریوتی 17

شکل1-6) نمای شماتیک از mRNA سلنوپروتئین P انسان. 19

شکل 1-7) ساختار دمین­های Sepp1. 20

شکل 1-8) نقش Sepp1 در هومئوستازی و انتقال سلنیوم به بیضه، مغز و کلیه. 22

شکل 1-9) عملکرد و تنظیم احتمالی Sepp1 در طی التهاب.. 23

شکل1-10) تأثیر جذب Se و پلی­مورفیسم­های تک­نوکلئوتیدی بر سلنوپروتئین­ها.. 25

شکل 1-11) ساختمان ژن SEP15 در انسان. 26

شکل1-12) سازمان­یابی دمین­های Sep15. 27

شکل 1-13) نقش Sep15 در کنترل کیفیت فولدینگ پروتئين.. 28

شکل 2-۱) توالی قطع­هی تکثیر شده­ی ژن SEPP1. 39

شکل ۲-۲) قطعه­ی تکثیر شده­ی ژن SEP15 در صورت وجود الل C 5′ → 3′)) 43

شکل 2-3) قطعه­ی تکثیر شده­ی ژن SEP15 در صورت وجود الل  T( 5′ → 3′) 43

شکل 3-1) DNA ژنومی استخراج شده بر روی ژل آگارز ۱٪. 47

شکل 3-2) تصویر محصول PCR ژن SEPP1 روی ژل آگارز ۲٪. 48

شکل ۳-۳) تصویر محصول واکنش هضم آنزیمی با آنزیم MwoI روی ژل آگارز ۲٪. 49

شکل 3-4) نمودار درصد فراوانی ژنوتیپهای مشاهده شده در ژن SEPP1 در گروه کنترل و بیمار. 50

شکل 3-5) ژل آگارز 2٪ مربوط به ژنوتایپینگ SEP15…………………………………………………………….. 50

شکل 3-6) نمودار درصد فراوانی ژنوتیپ­های مشاهده شده­ی ژن  SP15در دو گروه بیمار و کنترل. 52

قبلا حساب کاربری ایجاد کرده اید؟
گذرواژه خود را فراموش کرده اید؟
Loading...
enemad-logo