دانلود پروژه: استنتاج شبکه های تنظیمات ژنی از روی داده های سری زمانی Microarray به وسیله شبکه های بیزین دینامیک

فهرست مطالب

عنوان                                                                                          صفحه

فصل اول: مقدمه                                                                                                        1

• ضرورت انجام کار 6

• نگاه کلی به فصول رساله 6

فصل دوم: پیشینه تحقیق                                                                                         8

2-1- مقدمه                                                                                          9

2-2- مقدمات زیستی                                                                               9

2-2-1- ژن                                                                                   9

2-2-2- بیان ژن                                                                            10

2-2-3- شبکه های تنظیم کننده ژنی                                                   11

2-3- روش های یاد گیری شبکه های تنظیم کننده ژنی                                      12

2-3-1- روش های مبتنی بر خوشه بندی                                               12

2-3-2- روش های مبتنی بر رگرسیون                                                  13

2-3-3- روش های مبتنی بر اطلاعات متقابل                                           14

2-3-4- روش های تابعی                                                                  14

2-3-5- روش های مبتنی بر تئوری سیستم                                            14

2-3-6- روش های بیزین                                                                  15

• فصل سوم: روش پیشنهادی 18

• 3-1- مقدمه 19

• 3-2- شبکه های بیزین دینامیک 20

• 3-3- یادگیری شبکه های بیزین دینامیک 22

• 3-3-1- روش های امتیازدهی بیزین 23

• 3-3-1-1- امتیازدهی به روش K2 25

• 3-3-1-2- امتیازدهی به روش BDe 26

3-3-2- روش های امتیازدهی بر اساس تئوری اطلاعات                                26

3-3-2-1- امتیازدهی به روش log-likelihood (LL)                      27

3-3-2-2- امتیازدهی به روش BIC                                             27

3-3-2-3- امتیازدهی به روش AIC                                             28

3-3-2-4- امتیازدهی به روش MIT                                             28

3-3-3– پیچیدگی زمانی یادگیری شبکه های بیزین دینامیک                         29

3-4- شبکه های تصادفی و شبکه های Scale-free                                          31

3-5- روش پیشنهادی                                                                             35

فصل چهارم: نتایج تجربی                                                                                       44

4-1- مقدمه                                                                                        45

4-2- روش های تولید شبکه های Scale-free                                                46

4-3- روش های سنجش دقت برای شبکه های استنتاج شده                                 50

4-4- آزمایش اول: استفاده از روش جستجوی کامل                                           52

4-5- آزمایش دوم: نگاهی دقیق تر به عملکرد روش ارائه شده                                54

4-6- آزمایش سوم: استفاده از جستجوی حریصانه                                             57

4-7- آزمایش چهارم: بازیابی قسمتی از شبکه تنظیمات ژنی در Yeast                    60

4-8- آزمایش پنجم: : عملکرد روش ارائه شده در بازیابی شبکه های تصادفی               63

فصل پنجم: جمع بندی                                                                                            67

5-1- نتیجه گیری                                                                                 68

5-2- پیشنهاد برای کارهای آتی                                                                  69

منابع تحقیق                                                                                        70

چکیده به زبان انگلیسی                                                                           74

فهرست جدول ها

فهرست شکل ها