فهرست مطالب
چکیده………………………………………………………………………………1
فصل اول……………………………………………………………………………2
1-1- اهمیت گیاهان دارویی.. 3
1-2- گیاه شناسی بادرنجبویه. 4
1-2-1- ویژگیهای تیره نعناعیان. 4
1-2-2- ویژگیهای رویشی سرده بادرنجبویه. 4
1-2-3- ویژگیهای زایشی سرده بادرنجبویه. 5
1-2-4- ردهبندی سرده بادرنجبویه. 6
1-3- پراکنش…. 7
1-4- اکولوژی.. 8
1-4-1- سازگاری 8
1-4-2- تکثیر و پرورش… 8
1-4-2-1- کاشت… 9
1-4-2-2- داشت… 10
1-4-2-3- برداشت و بذر گیری.. 10
1-5- ترکیبات شیمیایی.. 11
1-6- تاریخچه و خواص دارویی.. 12
1-7- وضعیت ژنتیکی و سیتوژنتیکی بادرنجبویه. 15
1-8- تنوع ژنتیکی.. 15
1-9- روشهای ارزیابی تنوع ژنتیکی.. 16
1-9-1- نشانگرهای مورفولوژیک… 17
1-9-2- نشانگرهای بیوشیمیایی.. 17
1-9-3- نشانگرهای DNA.. 18
1-9-4- نشانگرهای AFLP. 18
1-9-5- نشانگرهای پروتئینی.. 21
1-10- روشهای تخمین تنوع ژنتیکی.. 22
1-11- پیشینه تحقیق.. 24
1-11-1- مطالعات انجام شده با استفاده از روش AFLP. 26
1-11-2- مطالعات انجام شده به روش SDS-PAGE.. 28
1-12- اهداف پژوهش…. 29
فصل دوم …………………………………………………………………………31
2-1- مواد گیاهی.. 32
2-1- ارزیابی پروتئین.. 33
2-1-2- استخراج پروتئین.. 33
2-1-3- بررسی کمی پروتئینها 34
2-1-3-1- سنجش کمی پروتئین به روش برادفورد. 34
2-1-4- بررسی کیفی پروتئینها از طریق SDS-PAGE.. 34
2-1-4-1- تهیه محلولها و بافرهای لازم برای SDS-PAGE.. 35
2-1-4-2- آماده سازی نمونههای پروتئینی و بارگذاری در سیستم SDS-PAGE.. 38
2-1-4-3- رنگ آمیزی ژل پلیآکریلآمید با کوماسی بلو. 38
2-1-4-4- رنگبری ژل‌ها 39
2-2- ارزیابی DNA.. 39
2-2-1- استخراج DNA.. 39
2-2-2- تعیین کمیت DNA.. 41
2-2-3- تعیین کیفیت DNA.. 42
2-2-4- هضم آنزيمي.. 42
2-2-5- تهیه سازگارسازهای دو رشتهای.. 43
2-2-6- اتصال سازگارسازها 44
2-2-7- واکنش زنجیرهای پلیمراز. 44
2-2-7-1- مرحله تکثیر اولیه. 44
2-2-7-2- مرحله تكثير انتخابي.. 46
2-2-8- الکتروفورز محصول PCR مرحله تکثیر انتخابی.. 48
2-2-8-1- آماده نمودن قالب ژل. 49
2-2-8-2- بسپار ژل پلی آکریلآمید واسرشته. 49
2-2-9- پیش اجرا 50
2-2-10- بارگذاری نمونهها 50
2-2-11- رنگآميزي ژل. 50
2-2-12- امتیازدهی الگوهای نواری.. 52
2-3- تجزیه و تحلیل آماری.. 52
فصل سوم ……………………………………………………………………… …55
3-1- نتایج ارزیابی تنوع پروتئینی.. 56
3-1-1- بررسی کمی پروتئینها 56
3-1-2- بررسی کیفی پروتئینها 57
3-1-2-1- بررسی معیارهای تنوع ژنتیکی.. 58
3-2- نتایج ارزیابی تنوع DNA.. 64
3-2-1- کیفیت سنجی استخراج DNA ژنومی.. 64
3-2-2- کمیت سنجی استخراج DNA ژنومی.. 64
3-2-3- پاسخ به واکنش آنزیمهای برشی.. 65
3-2-4- بررسی صحت واکنش زنجیرهای پلیمراز در مرحله تکثیر اولیه و تکثیر انتخابی.. 66
3-2-5- الگوی نواری قطعات تکثیر یافته بر روی ژل پلیاکریلآمید. 66
3-2-6- بررسی معیارهای تنوع ژنتیکی.. 69
3-2-6-1- تعیین چند شکلی و سودمندی نشانگرهای AFLP. 69
3-2-6-2- فراوانی آللها و معیارهای مرتبط با ترکیبهای آغازگر AFLP. 71
3-2-6-3- فاصله ژنتیکی بین تودهها 72
3-2-6-4- ساختار جمعیت تودههای بادرنجبویه. 74
3-2-6-5- تجزیه خوشهای تودههای بادرنجبویه. 75
3-2-6-6- تجزیه به مختصات اصلی.. 77
3-2-6-7- معیارهای تنوع ژنتیکی درون جمعیتهای گروهبندی شده 79
3-3- تجزیه خوشهای ادغام دادههای پروتئین و DNA.. 82
نتیجه گیری ………………………………………………………………………86
پیشنهادها ………………………………………………………………………… 87
منابع ………………………………………………………………………………88
فهرست شکلها
شکل (1-1) گیاه شناسی بادرنجبویه ………………………………………………………………………………………….. |
6 |
شکل (1-2) مراحل اجرای نشانگر AFLP ………………………………………………………………………………… |
20 |
شکل (3-1) مقایسه میانگین محتوای پروتئین کل به روش آزمون چند دامنهای دانکن…………………….. |
57 |
شکل (3-2) پروفایل پروتئینی حاصل از الکتروفورز SDS-PAGE……………………………………………….. |
58 |
شکل (3-3) نمودار تجزیه خوشهای به روش الگوریتم WPGMA بر اساس پروفایل پروتئینی………… |
61 |
شکل (3-4) نمودار تجزیه به مختصات اصلی و الگو پراکنش بر اساس دو عامل اول……………………….. |
62 |
شکل (3-5) الکتروفورز ژل آگارز نمونههای DNA استخراج شده………………………………………………. |
64 |
شکل (3-6) ژل آگارز 8/1 درصد جهت بررسی واکنش هضم آنزیمی و تکثیر اولیه DNA ژنومی…….. |
65 |
شکل (3-7) الگوی نواری قطعات تکثیر یافته در مرحله تکثیر انتخابی توسط ژل آگارز 8/1…………….. |
66 |
شکل (3-8) الگوی جداسازی قطعات تکثیر یافته ترکیب آغازگری E/M……………………………………….. |
67 |
شکل (3-9) الگوی جداسازی قطعات تکثیر یافته ترکیب آغازگری P/M……………………………………….. |
68 |
شکل (3-10) نمودار منحنی ∆K جهت تعیین مقدار مطلوب K……………………………………………………. |
74 |
شکل (3-11) گروهبندی تودههای مورد مطالعه بر اساس ساختار ژنتیکی جمعیت……………………………. |
75 |
شکل (3-12) خوشهبندی شبکهای 20 توده بادرنجبویه با استفاده از دادههای حاصل از نشانگر AFLP |
77 |
شکل (3-13) پراکنش تودههای بادرنجبویه بر اساس تجزیه به مختصات اصلی بر اساس دو عامل اول. |
78 |
شکل (3-14) تجزیه خوشهای بر اساس دادههای پروتئین و DNA…………………………………………….. |
83 |
فهرست جدولها
جدول 1-1 مشخصات ردهبندی سرده بادرنجبویه بر اساس فلور ایرانیکا…………………………………………. |
7 |
جدول 2-1 محل جمعآوری تودههای بادرنجبویه………………………………………………………………………. |
32 |
جدول 2-2 مواد مورد نیاز بافر استخراج HEPES ……………………………………………………………………….. |
33 |
جدول 2-3 مواد مورد نیاز بافر استخراج CTAB به همراه PVP…………………………………………………….. |
41 |
جدول 2-4 مواد مورد نیاز مرحله اول واكنش هضم آنزيمي…………………………………………………………. |
42 |
جدول 2-5 توالی سازگارسازهای سه آنزيم برشي EcoRI، MseI و PstI………………………………………….. |
43 |
جدول 2-6 مخلوط واكنش اتصال سازگارسازهای دو رشتهای……………………………………………………… |
44 |
جدول 2-7 توالی آغازگرهای الیگونوکلئوتید بدون نوکلئوتید انتخابی…………………………………………….. |
45 |
جدول 2-8 مخلوط واکنش در مرحله تكثير اولیه………………………………………………………………………… |
45 |
جدول 2-9 توالی آغازگرهای مرحله تکثیر انتخابی EcoRI/ MseI و MseI/ PstI…….………………………… |
46 |
جدول 2-10 مخلوط واکنش برای مرحله تکثیر انتخابی……………………………………………………………….. |
46 |
جدول 2-11 ترکیب آغازگرهای مورد استفاده در این پژوهش………………………………………………………. |
47 |
جدول 3-1 تعداد نوارهای پروتئینی حاصل از الکتروفورز SDS-PAGE ………………………………………… |
58 |
جدول 3-2 ضریب تشابه جاکارد بین تودههای بادرنجبویه………………………………………………………….. |
59 |
جدول 3-3 کمیت DNA استخراج شده تودههای بادرنجبویه توسط دستگاه نانودراپ……………………… |
65 |
جدول 3-4 پارامترهای مرتبط با چند شکلی نشانگرها…………………………………………………………………. |
70 |
جدول 3-5 میانگین معیارهای تنوع مربوط به نشانگرها……………………………………………………………….. |
72 |
جدول 3-6 ماتریس فاصله ژنتیکی بر اساس ضریب تشابه Dice………………………………… ………………… |
73 |
جدول 3-7 مقادیر K∆ و (K)LnP به منظور تعیین مقدار K مطلوب……………………………………………… |
75 |
جدول 3-8 جدول تجزیه واریانس مولکولی بین گروهها………………………………………………………………. |
79 |
جدول 3-9 معیارهای تنوع ژنتیکی بین گروهها……………………………………………………………………………. |
82 |
