بررسی بیان ژن LRIG1 در سرطان روده بزرگ و ارتباط آن با خصوصیات هیستوپاتولوژی) وضعیت stage و grade تومور)

فهرست مطالب

فصل اول: مقدمه

1-1-تعریف سرطان…………………………………………………………………………………………………………………………… 3

1-2-عوامل ایجاد کننده ی سرطان…………………………………………………………………………………………………….. 3

1-3- انواع سرطانها……………………………………………………………………………………………………………………………. 4

1-4- ژنتیک سرطان……………………………………………………………………………………………………………………….. 5

1-5- سرطان کلورکتال((CRC……………………………………………………………………………………………………….. 6

1-5-1– اپیدمیولوژی سرطان کولورکتال در ایران………………………………………………………………………………… 9

1-5-2– اپیدمیولوژی سرطان کولورکتال در جهان………………………………………………………………………………. 10

1-5-3- فاکتورهای خطرزا  در ابتلاء به سرطان CRC………………………………………………………………………… 12

1-5-4- علائم هشدار دهنده ی CRC………………………………………………………………………………………………. 12

1-5-5- روشهای تشخیص و مرحله بندی…………………………………………………………………………………………… 13

1-5-6- درمان بیماری……………………………………………………………………………………………………………………… 14

1-5-6-1-تعیین  مرحله ی سرطان…………………………………………………………………………………………………… 14

1-5-6-2- طبقه بندی TNM در سرطان کولورکتال…………………………………………………………………………. 16

1-6- انواع پولیپ در سرطان های کولورکتال………………………………………………………………………………………. 17

1-7-تعیین میزان بقاء برای سرطان توسط مرحله سرطان……………………………………………………………………. 18

1-8-ژن LRIG1…………………………………………………………………………………………………………………………….. 20

1-9- بیان مساله………………………………………………………………………………………………………………………………. 20

1-10- اهمیت و ضرورت پژوهش……………………………………………………………………………………………………….. 21

1-11-اهداف پژوهش………………………………………………………………………………………………………………………… 22

1-12- پیشینه پژوهش…………………………………………………………………………………………………………………….. 23

1-13- روش پژوهش………………………………………………………………………………………………………………………… 23

1-14- موانع و مشکلات پژوهش………………………………………………………………………………………………………… 24

1-15سازماندهی پژوهش………………………………………………………………………………………………………………….. 24

فصل دوم:مواد و روشها

2-1- نمونه گیری…………………………………………………………………………………………………………………………….. 26

2-2-آماده سازی بافت جهت استخراج RNA…………………………………………………………………………………….. 26

2-3-طیف سنجی RNAهای استخراجی با Nanodrop…………………………………………………………………… 28

2-4-واکنش رونویسی معکوس ((RT)Reverse Transcription)…………………………………………………….. 28

2-5-چک نمودن مراحل سنتز cDNA ……………………………………………………………………………………………. 29

2-6-واکنشهای Real Time PCR وPCR …………………………………………………………………………………….. 30

2-6-1-طراحی پرایمر………………………………………………………………………………………………………………………. 30

2-6-2-واکنش ( Polymerase Chain Reaction (PCR…………………………………………………………….. 31

2-6-3- واکنش PCR ……………………………………………………………………………………………………………………. 31

2-6-4- برنامه واکنش PCR ………………………………………………………………………………………………………….. 32

2-6-5- الکتروفورز محصولات PCR ……………………………………………………………………………………………….. 33

2-6-6- واکنشهای Real Time PCR …………………………………………………………………………………………… 33

2-7- مدل ریاضی مورد استفاده برای آنالیز بیان ژن……………………………………………………………………………. 35

2-7-1 تقسیم بندی روند انجام واکنش Real Time PCR ………………………………………………………………. 35

2-7-1-1- روش ^rrCT– 2 …………………………………………………………………………………………………………….. 36

2-7-1-2 – روش پی­فافل…………………………………………………………………………………………………………………. 37

2-9- تعیین میزان بیان ژن­های IRIG1 وGAPDH آنالیز آماری داده ها……………………………………………. 37

فصل سوم: نتایج

3-1 -اطلاعات بیماران……………………………………………………………………………………………………………………… 40

3-2-استخراج RNA ……………………………………………………………………………………………………………………… 41

3-3- نتایج کنترل کیفیت cDNA  های سنتز شده  با روش RT-PCR …………………………………………… 42

3-4- نتایج RT-PCR برای ژنهای IRIG1 و GAPDH ……………………………………………………………….. 43

3-5-نتايج Real time RT-PCR  ژن LRIG1 …………………………………………………………………………… 45

3-6- نتايج Real time RT-PCR ژن GAPDH ………………………………………………………………………… 46

3-7- تأیید بیان ژن­ IRIG1 ………………………………………………………………………………………………………….. 47

3-8- آنالیز نمونه های سالم وبیمار از نظر سطح بیان ژن IRIG1 ……………………………………………………… 49

3-9-ارتباط بین  سطوح مختلف  بیان ژن IRIG1 و علائم کلینیکی و پاراکلینیکی………………………………. 49

3-9-1-ارتباط سن بیماران با سطوح مختلف بیان ژن………………………………………………………………………….. 50

3-9-2-ارتباط اندازه تومور با سطوح مختلف بیان ژن IRIG1 ……………………………………………………………. 50

3-9-3- ارتباط مرحله ی سرطان بیماران با سطوح مختلف بیان ژن IRIG1 ………………………………………. 51

3-9-4-ارتباط درگیری غدد لنفاوی با سطوح مختلف بیان ژن IRIG1 ………………………………………………. 51

فصل چهارم: بحث و نتییجه گیری

بحث……………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 53

4-1- بیان ژن در بافتهای توموری و نرمال سرطان کولورکتال………………………………………………………………. 53

4-2- ارتباط سن بیماران با سطوح مختلف بیان ژن LRIGI ………………………………………………………………. 54

4-3- ارتباط اندازه تومور با سطوح مختلف بیان ژن LRIGI ……………………………………………………………….. 54

4-4- ارتباط مرحله ی سرطان بیماران با سطوح مختلف بیان ژن LRIGI …………………………………………… 54

4-5- ارتباط درگیری غدد لنفاوی با سطوح مختلف بیان ژن LRIGI ………………………………………………….. 54

4-6- ارتباط متاستاز با سطوح مختلف بیان ژن LRIGI …………………………………………………………………….. 55

نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………………………………………………….. 56

پیشنهادات……………………………………………………………………………………………………………………………………….. 57

فهرست منابع……………………………………………………………………………………………………………………………………. 58

فهرست شکل ها و نمودار ها

1-1: شکل تقسیم سلولهای نرمال در مقایسه با سلولهای سرطانی………………………………………………………….. 6

1-2 : آناتومی دستگاه گوارش……………………………………………………………………………………………………………… 7

1-3 : مسیر پیش رونده ی سرطان کولون……………………………………………………………………………………………. 8

1-4 : شیوع سرطان کولون……………………………………………………………………………………………………………….. 10

1-5 :هرم سنی بروز استاندارد سرطان کولورکتال در جهان با توجه به جنس و منطقه ی جهانی………………. 11

1-6 :روش تشخیص کلونوسکوپی………………………………………………………………………………………………………. 13

1-7: طبقه بندی در سرطان کولورکتال……………………………………………………………………………………………… 16

1-8: مسیر پیش رونده پولیپ……………………………………………………………………………………………………………. 18

2-7-1منحنی فرایند سه مرحله ای PCR…………………………………………………………………………………………………………..36

2-1 :نرم افزار لینرگ………………………………………………………………………………………………………………………… 38

3-1 :نتایج حاصل از الکتروفورز RNA استخراج شده بر روی ژل آگارز…………………………………………………. 42

3-2 :نتایج کنترل کیفیت cDNA های سنتز شده…………………………………………………………………………….. 43

3-3 : نتایجRT-PCR برای ژن IRIG1 ………………………………………………………………………………………….. 43

3-4 : نتایجRT-PCR  ژنGAPDH  در بافت های توموری و سالم…………………………………………………… 44

3-5 : نمودار نکثیر ژن IRIG1…………………………………………………………………………………………………………. 45

3-6 : نمودار منحنی ذوب ژن IRIG1 به همراه کنترل منفی……………………………………………………………….. 46

3-7 : نمودار نکثیر ژنGAPDH……………………………………………………………………………………………………… 46

3-8 :منحنی ذوب ژنGAPDH ……………………………………………………………………………………………………… 47

3-9 : نتایج تایید تکثیر IRIG1 در بافت های توموری………………………………………………………………………… 48

3-10: نمودار 3-5 گزارش مربوط به آنالیز REST…………………………………………………………………………….. 49

3-11: نمودار پراکنش………………………………………………………………………………………………………………………. 50

3-12: نمودارسطح (stage) تومور…………………………………………………………………………………………………….. 51

فهرست جداول

3-1 : ویژگیهای پرایمرهای استفاده شده در واکنش های PCR و Real Time PCR………………………….. 41

3-2 : اجزای واکنش PCR……………………………………………………………………………………………………………….. 43

3-3 : برنامه های حرارتی مورد استفاده در دستگاهGradient PCR……………………………………………………. 43

3-4 : برنامه های حرارتی مورد استفاده در واکنش های  PCR  برای ژن IRIG1 …………………………………. 44

3-5 : اجزای واکنشReal Time PCR برای ژن IRIG1 و ژن GAPDH ……………………………………….. 45

3-6 : برنامه های حرارتی مورد استفاده در واکنش های Real Time PCRبرای ژن IRIG1…………………. 46

4-1 : مشخصات کلینیکی و پاتولوژی بیماران……………………………………………………………………………………… 52