بررسی بیان ژن Sox1 در بیماران مبتلا به سرطان سلول‏های ‏‏‏سنگفرشی مری

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                      صفحه

چکیده 1

مقدمه. 1

روش کار. 1

نتایج.. 1

بحث و نتیجه گیری.. 1

مقدمه. 2

فصل اول: کلیات تحقیق.. 4

1-1- آناتومی‏ مری.. 4

1-2- بافت شناسی مری.. 5

1-3- آسیب شناسی مری.. 6

1-4- آشنایی با سرطان. 6

1-5- سرطان مری.. 7

1-6- پاتولوژی.. 7

1-7- بافت شناسی سرطان مری.. 7

1-7-1-  آدنوکارسینومای مری.. 7

1-7-1-1- علت شناسی و بیماري زایی آدنوکارسینوما مري.. 8

1-7-1-2- مورفولوژي آدنوکارسینوما مري.. 8

1-7-1-3- علائم بالینی آدنوکارسینوما مري.. 8

1-7-2- سرطان بافت سنگفرشی مري (ٍESCC). 9

1-7-2-1- مورفولوژي و وضعیت آناتومیکی سرطان بافت سنگفرشی مري.. 9

1-7-2-2- علائم بالینی سرطان سنگفرشی مري.. 10

1-8- توزیع جغرافیایی سرطان مری.. 10

1-8-1- مناطق داراي شیوع پایین.. 10

1-8-2- مناطق داراي شیوع متوسط.. 10

1-8-3- مناطق داراي شیوع زیاد. 11

1-9- جایگاه سرطان مری در ایران. 11

1-9-1- شیوع جنسی و سنی.. 12

1-9-2- مرگ و میر. 12

1-10-  اتیولوژي سرطان بافت سنگفرشی مري.. 12

1-10-1- الکل و دخانیات… 13

1-10-2- ازوفاژیت… 14

1-10-3- کارسینوژن ها 14

1-10-3-1- نیتروز آمین‏ها 14

1-10-4- تغذیه. 15

1-10-4-1- کمبود مواد غذایی (اثر سیستمیک). 15

1-10-4-2- مواد غذایی که به طور موضعی به مري آسیب می‏رسانند: 15

1-11- تعیین مرحله بیماری.. 15

1-12- سیر بالینی بیماری.. 16

1-13 آشنایی با تکنیک Real time. 18

1-13-1 تعریف ومفهوم Real time PCR.. 18

1-13-2 مزایاي روش Real time PCR.. 18

1-13-3 کاربرد‏‏‏های ‏‏‏Real time. 18

1-13-4 مقدمه‏اي در مورد دستگاه Real time PCR.. 19

1-13-5- روشهاي آشکارسازي درReal time PCR: 19

1-14- ژن Sox1. 19

1-14-1- تعریف ژن و پروتئین Sox1. 19

1-14-2- ساختمان ژن. 21

1-14-3- موقعیت ژن. 21

1-14-4- نقش ژن. 21

مسأله تحقیق.. 22

فصل دوم: مروری برتحقیقات انجام شده. 23

فصل سوم: مواد و روش ها 25

3-1- کلیات روش انجام تحقیق.. 25

3-1-1- انتخاب بیماران. 25

3-1-2- جداسازي بافت نرمال و توموري.. 25

3-1-3- استخراج RNA از نمونه‏‏‏های ‏‏‏بیوپسی نرمال و توموری.. 26

3-1-4 تریت نمودن RNAی استخراج ‏شده‏با آنزیم تجزیه کننده DNA (DNaseI). 27

3-1-5- سنتز cDNA.. 28

3-1-6- طراحی پرایمر. 29

3-1-7- بهینه سازي شرایط PCR براي پرایمرهاي ژن Sox 1. 30

3-1-7-1- الکتروفورز محصولات PCR روی ژل آگارز. 31

3-1-7-2- محلولهاي ژل الکتروفورز آگارز. 31

3-1-7-3- تهیه ژل آگارز 1.5%. 32

3-1-8 اصول آزمایش Real time PCR با استفاده از سایبر گرین: 32

3-1-9 آنالیز آماري نتایج حاصل از Real time PCR.. 36

فصل چهارم: نتایج.. 37

4-1- خصوصیات بیماران و مشخصات پاتولوژیکی.. 37

4-1-1- بررسی سن بیماران. 37

4-1-2- بررسی بیماران از نظر جنسیت: 38

4-1-3- بررسی مکان تومور. 39

4-1-4- بررسی مرحله تومور. 40

4-1-5- بررسی تهاجم توموري 142 و متاستاز به غدد لنفاوي.. 40

4-1-6- بررسی متاستازي توموري.. 41

4-1-7- بررسی درجه نئوپلاستیک تومور. 42

4-2- نتایج حاصل از Real time PCR ژن مورد مطالعه در این تحقیق (ژنSox1) برای نمونه‏‏‏های ‏‏‏نرمال و توموری 40 بیمار  43

4-1-1 Fold chang ژن Sox1. 43

4-2-2- وضعیت بیان مارکرهايSox1. 45

4-2-3- بررسی ارتباط بین بیان ژن مورد مطالعه با خصوصیات توموري.. 45

4-2-4- بررسی ارتباط بین بیان ژن Sox1 با خصوصیات توموری.. 45

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری.. 46

5-1- بحث… 46

5-2- نتیجه گیری.. 48

منابع.. 50

 

 

فهرست تصاویر

عنوان                                                                                                     صفحه

1-1- توده سرطان مري از نوع آدنوکارسینوما در نماي میکروسکوپیک… 8

1-2-  توده سرطان مري از نوع سنگفرشی در نماي میکروسکوپیک… 9

1-3-  کمربند فرضی مري.. 11

3-1 تصویر توده سرطان مري: این تصویر تودهي سرطان مري را حین عمل جراحی و مقایسه آن با بافتهاي اطرافش نشان می‏دهد  26

3-2- تصویر الکتروفورز ژل آگارز و مشاهده ي باند 208bp ژن Sox1. 32

3-3 نحوه تعریف نمودن نمونه‏ها در دستگاه Real time PCR ‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏………………………………………………..‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.34

3-4 تصویر برنامه دمایی Real time PCR براساس بهینه سازي انجام شده ……………………………………..‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.35

3-5- تصویر منحنی به دست آمده از یک بیمار که مقایسهي بیان ژن مورد نظر باGAPDH را نشان می‏‏دهد. 36

3-6- تصویر منحنی به دست آمده از یک بیمار که به صورت چارت، سطح بیان ژن را در نمونهي نرمال و توموري مقایسه کرده و میزان fold chang محاسبه ‏شده‏توسط دستگاه را نشان می‏‏دهد. 36

4-1 نمودار سن بیماران.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏……………………………………………………………………………..‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏38

4-2 نمودار جنسیت بیماران.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏…………………………………………………………………………..‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏39

4-3 نمودار موقعیت تومور.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏…………………………………………………………………………….‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏39

4-4 نمودار مرحله تومور.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏………………………………………………………………………………‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏40

4-5 نمودار مرحله تومور بر اساس T تومور.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏…………………………………………………….‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏41

4-6 نمودار مرحله تومور بر اساس متاستاز توموری (M.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏…………‏.‏.‏.‏.‏………………………….‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏42

4-7 نمودار درجه تومور.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏………………………………………………………….‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.42

4-8 نمودار بیان ژن Sox1.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏…‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏…………………………………………………………………………..‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏.‏45

فهرست جداول

عنوان                                                                                                               صفحه

3-1- مواد و مقادیر مورد استفاده در تیریت نمودن RNA.‏………………………………………………………………‏.‏.‏.‏.‏.28

3-2- حجم مواد مرحله اول سنتزcDNA.. 28

3-3- حجم مواد مرحله دوم سنتزcDNA.. 29

3-4-جدول توالی پرایمر ها 30

3-5- جدول حجم و غلظت نهایی مواد مورد استفاده در واکنش…. 31

3-6- برنامه دمایی و زمانی واکنش PCR.. 31

3-7- جم مواد مورد استفاده در واکنشReal time PCR.. 33

3-8- برنامه چرخه‏ای ‏‏‏و دمایی Real time PCR برای ژن Sox1. 34

4-1- توزیع فراوانی سن بیماران. 38

4-2- توزیع فراوانی جنسیت بیماران. 38

4-3- توزیع فراوانی بر حسب مکان تومور بیماران. 39

4-4- توزیع فراوانی بر اساس مرحله تومور بیماران. 40

4-5- توزیع فراوانی بر اساس T تومور بیماران. 41

4-6- توزیع فراوانی بر اساس متاستاز توموري (M). 41

4-7- توزیع فراوانی بر اساس درجه تومور بیماران. 42

4-8- fold chang ژن Sox1. 44

4-9- توزیع فراوانی بر اساس میزان بیان ژن Sox1. 45