ارزیابی تنوع ژنتیکی ارقام توتون (Nicotiana tabacum L.) با استفاده از نشانگرهای مولکولی AFLP

فهرست مطالب:                                                                                                                                                                       صفحه

فصل اول              مقدمه                                           

1-1-                 مقدمه……………………………………………………………………………………………2

فصل دوم          بررسی منابع

2-1-                   مبدأ و تاریخچه…………………………………………………………………………… 5

2-2-                    اهمیت اقتصادی توتون در ایران و جهان……………………………………………6

2-3-                    سطح زیر کشت و میزان تولید توتون………………………………………………..7

2-4-                   کشت توتون در ایران …………………………………………………………………… 8

2- 5-                   گیاه شناسی توتون……………………………………………………………………….. 9

2-6-                    تقسیم بندی توتون……………………………………………………………………… 12

2-6-1-             طبقه بندی بوتانیکی توتون …………………………………………………………………. 13

2-6-1-1-         زیرجنس تاباکوم ……………………………………………………………………………… 13

2-6-1-2-         زیر جنس روستیکا ……………………………………………………………………………..13

2-6-1-3-         زیر جنس پتونیودیس ………………………………………………………………………… 13

2 -6- 2-            طبقه بندی صنعتی توتون……………………………………………………………………. 14

2-6-3-              طبقه بندی بر اساس نحوه خشکانیدن………………………………………………… 14

2-6-4-              طبقه بندی بر اساس خصوصیات ظاهری برگ……………………………………. 14

2- 7-                  اصلاح توتون……………………………………………………………………………… 15

2-7-1-               اصلاح کلاسیک…………………………………………………………………………. 15

2-7-2-               اصلاح مولکولی………………………………………………………………………….. 17

 2- 8-                 تنوع ژنتیکی و اهمیت آن………………………………………………………………. 17

2 – 9-                روش های برآورد سطح تنوع ژنتیکی………………………………………………. 19

2- 10-                روش­های مولکولی اندازه­گیری تنوع ژنتیکی……………………………………. 20

2 -11-                نشانگرهای مولکولی DNA…………………………………………………………… 20

2- 12-                 نشانگر­های DNA متداول در بررسی تنوع ژنتیکی………………………………… 21

2-12-1-            چندشکلی طولی قطعات حاصل از هضم (RFLP) ………………………………… 21

2-12-2-             چندشکلی قطعات DNA با تکثیر تصادفی (RAPD) ……………………………. 22

2- 12- 3-            نشانگر ریزماهواره (توالی­های تکراری ساده SSR) ……………………………… 23

2– 12-4-            چند شکلی طولی قطعات تکثیر شده یا AFLP ……………………………………. 24

2-12-4-1-         هضم DNA ژنومی……………………………………………………… ………………… 25

2- 12-4-2-        اتصال سازگارسازهاي دو رشته­اي به انتهاي قطعه­هاي چسپنده…………………. 26

2-12-4-3-         تكثير پيش از مرحله انتخاب……………………………………………………………… 27

2-12-4-4-         تكثير انتخابي…………………………………………………………………………………. 27

2-12-4-5-         مزایای روش ALFP………………………………………………………………………. 28

2-12-4-6–         معایب روش ALFP………………………………………………………………………. 28

2- 13-                بررسی تنوع ژنتیکی توتون با استفاده از نشانگرهای موفولوژیکی و ژنتیکی . 29

فصل سوم         مواد و روش­ها                   

3-1-                   مواد گیاهی و نحوه کشت……………………………………………………………….  35

3-2-                   تعیین ژنوتیپ جمعیت…………………………………………………………………….. 35

3-2-1-               استخراج DNA ……………………………………………………………………………. 35

3-2-2-               تعیین کمیت و کیفیت DNA…………………………………………………………… 38

3-2-3-               اجرای AFLP………………………………………………………………………………. 39

3-2-3-1-           هم غلظت نمودن DNA…………………………………………………………………. 39

3-2-3-2-           هضم DNA ژنومی ………………………………………………………………………. 39

3-2-3-3-           دورشته ای کردن سازگارسازها……………………………………………………….. 40

3-2-3-4-           پیوند سازگارسازها………………………………………………………………………… 40

3-2-3-5-           پیش تکثیر……………………………………………………………………………………. 41

3-2-3-6-          تکثیرانتخابی………………………………………………………………………………….. 42

3-2-4-              الکتروفورز عمودی……………………………………………………………………….. . 43

3-2-5-             تجزیه­های آماری………………………………………………………………………………… 46

3-2-5-1-         آماره­های بررسی تنوع ژنتیکی………………………………………………………………. 47

3-2-5-1-1-     محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) ……………………………………………………… 47

3-2-5-1-2-     شاخص نشانگری (MI) ………………………………………………………………………. 47

3-2-5-2-         تجزیه واریانس مولکولی……………………………………………………………………… 48

3-2-5-3-         تجزیه خوشه­ای………………………………………………………………………………….. 48

3-2-5-4-         تجزیه ساختار…………………………………………………………………………………….. 48

فصل چهارم    نتایج و بحث

4-1-                  تعیین کیفیت و کمیت DNA استخراجی……………………………………………….. 50

4-2-                  چندشکلی ترکیب­های آغازگری AFLP در ژنوتیپ­های توتون مورد مطالعه.. 50

4-3-                  بررسی ماتریس فاصله ژنتیکی جاکارد…………………………………………………… 52

4-4-                  تجزیه خوشه­ای…………………………………………………………………………………. 53

4-5-                  تجزیه واریانس مولکولی…………………………………………………………………….. 55

4-6-                  تجزیه ساختار ژنتیکی…………………………………………………………………………. 56

4-7-                 پیشنهادات………………………………………………………………………………………… 59

ضمائم

منابع